Югио! Тёмная сторона измерений

События разворачиваются спустя шесть месяцев после финальной дуэли с Фараоном. Юги Муто и его компания уже третьеклассники и постепенно начинают задумываться о том, что ждет их после окончания школы. Тем временем Сэто Кайба не оставляет попыток вернуть душу Фараона и заново собрать «Головоломку тысячелетия». На его пути появляется таинственный Аигами, вынуждая Сэто проявить еще больше настойчивости. Кроме этого, Кайба параллельно работает над инновационной виртуальной системой дуэлей, которая может полностью изменить привычный мир «Дуэльных монстров».