Призрак в доспехах 2: Невинность

События разворачиваются спустя годы после завершения предыдущей истории. Сотрудники 9-го Отдела продолжают заниматься расследованием преступлений, связанных с технологиями и искусственным интеллектом. Бато, у которого значительная часть тела заменена кибернетическими имплантами, работает вместе с Тогусой. После исчезновения Майора Мотоко Кусанаги им поручают непростое дело: выяснить, кто стоит за серией убийств, которые совершают прототипы гиноидов. Эти искусственные существа ведут себя странно — сразу после преступления они уничтожают сами себя, не оставляя улик. Но однажды ситуация меняется: перед самоуничтожением одна из гиноидов неожиданно обращается к Бато с просьбой о помощи, что ставит под сомнение привычные методы расследования и подталкивает команду к новым открытиям.