Сержант Кэроро: Кэроро против Тёмного Кэроро — Великая битва за небо!

Фуюки Хината вместе с взводом Кероро отправляются исследовать старый храм, расположенный на горе в перуанском Мачу-Пикчу. Их внимание привлекает необычная атмосфера заброшенного места, но события начинают развиваться неожиданно. Кероро, двигаясь не слишком осторожно, случайно приводит в действие ловушку. Это открывает проход в скрытое помещение, где в центре комнаты возвышается большая подставка с синим кристаллом, а внутри конструкции спрятан ключ.

Любопытство берет верх, и Кероро нажимает на ключ. В тот же момент загадочный механизм приходит в движение, стены начинают дрожать, по храму проходит вибрация. Осознав, что ситуация выходит из-под контроля, все спешат на выход, но не без потерь — Кероро теряет свой любимый мяч Керо. В суматохе Фуюки замечает среди всполохов света молодую женщину с загадочным сиянием, о чём пытается сообщить Кероро, однако обстоятельства вынуждают его бежать дальше, не успев ничего объяснить.

Когда отряд выбирается из опасного места, становится ясно, что их побег остался не незамеченным. Неизвестная девушка, теперь с мерцающими крыльями, следит за ними из укрытия, а внутри кристалла начинает происходить нечто странное — будто бы внутри него зарождается новая форма жизни.