Ну не может моя сестрёнка быть такой милой

Кёсукэ Косака, которому сейчас 17, почти не разговаривает с младшей сестрой Кирино. Несколько лет назад между ними что-то изменилось: она стала избегать его, отводить глаза и практически перестала замечать его присутствие. Сам он толком не понимает, что послужило причиной, и уже почти смирился с тем, что отношения не наладятся.

Однажды дома ему попадается DVD-диск с аниме про магических девочек. Сначала Кёсукэ удивляется — ни родители, ни Кирино, успешная школьница и модель, по идее, такими вещами не интересуются. Но когда он открывает коробку, внутри обнаруживается не мультфильм, а игра для взрослых жанра эроге, причём с довольно провокационным сюжетом о романтике между братом и сестрой. За семейным ужином Кёсукэ пытается осторожно выяснить, кто мог оставить диск, но все, включая отца-полицейского, уверяют, что не имеют к находке никакого отношения.

Поздно ночью Кирино неожиданно будит Кёсукэ и приглашает его к себе в комнату. Разговор оказывается совсем не тем, чего он ожидал: она признаётся, что скрывает от всех своё увлечение аниме, видеоиграми и что именно ей принадлежит тот самый диск. Оказывается, Кирино — скрытая отаку с особым интересом к играм о взаимоотношениях братьев и сестёр.